در بخشنامه صادر شده از سوی سرپرست دانشگاه آزاد اسلامی به روسای واحد‌های مراکز استان، روسای واحد‌ها و مراکز آموزشی و سازمان سما دانشگاه آزاد اسلامی، نرخ شهریه سال تحصیلی ۹۸-۱۳۹۷ برای رشته‌های غیرپزشکی و علوم پزشکی در همه مقاطع تحصیلی ابلاغ شد. براساس این بخشنامه، نرخ شهریه دانشجویان قدیم (شامل ورودی‌های سال ۱۳۹۶ و ماقبل) برای دانشجویان غیرپزشکی براساس شهریه پایه‌ای که هر ورودی در سال ۱۳۹۶ پرداخت کرده، در سال تحصیلی جدید بدون افزایش باقی می‌ماند. نرخ افزایش شهریه متغیر برای دانشجویان فعلی دانشگاه (شامل ورودی‌های ۹۶ و ماقبل) نسبت به شهریه متغیر پرداختی در سال ۹۶ برای دانشجویانی که در زمان مقرر نسبت به انتخاب واحد کرده‌اند، ۱۰ درصد و برای دانشجویانی که در زمانی خارج از زمان مقرر شده اقدام به انتخاب واحد کرده‌اند، ۱۲/۵ درصد است. طبق تبصره یک این بخشنامه، درخصوص دانشجویان خودگردان علوم پزشکی (شامل ورودی‌های سال ۱۳۹۶ و ماقبل) با توجه به سالانه بودن شهریه این دسته از دانشجویان، ضمن توجه به ماده‌های یک و دو این بخشنامه، حداکثر میزان ۱۲/۵ درصد افزایش شهریه نسبت به شهریه سالانه‌ای که هر ورودی در سال ۱۳۹۶ پرداخت کرده، برای سال تحصیلی ۹۸-۹۷ با مجوز استان تعیین می‌شود. نرخ شهریه دانشجویان قدیم (شامل ورودی‌های سال ۱۳۹۶ و ماقبل) برای دانشجویان رشته‌های علوم پزشکی که قبل از مهر ۹۷ وارد دانشگاه شده‌اند، افزایش نمی‌یابد. شهریه متغیر برای دانشجویان فعلی رشته‌های علوم پزشکی نسبت به شهریه متغیر پرداختی در سال ۹۶ نیز مانند رشته‌های غیرپزشکی است. نرخ افزایش شهریه پایه و متغیر دانشجویان جدید (از سال ۱۳۹۷) برای رشته‌های غیرپزشکی در همه مقاطع تحصیلی نسبت به شهریه پایه و متغیر پرداختی در سال ۱۳۹۶ حداکثر با میزان ۱۲/۵ درصد با مجوز استان تعیین می‌شود. نرخ افزایش شهریه پایه و متغیر دانشجویان جدید برای رشته‌های پزشکی در همه مقاطع تحصیلی ۱۲/۵ درصد خواهد بود. طبق تبصره دوم این بخشنامه در رابطه با رشته‌های پزشکی، دندان‎پزشکی و علوم دارویی، افزایش مذکور باید به نحوی اعمال شود که کمتر از ۸۰ درصد شهریه پردیس‌های خودگردان وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نباشد. بنابر تبصره سه این بخشنامه، درخصوص دانشجویان خودگردان علوم پزشکی جدیدالورود با توجه به سالانه بودن شهریه این دسته از دانشجویان ضمن توجه به ماده‌های یک و دو، حداکثر میزان ۱۲/۵ درصد افزایش شهریه نسبت به شهریه سالانه‌ای که هر ورودی در سال ۱۳۹۶ پرداخت کرده، برای سال تحصیلی ۹۸-۹۷ با مجوز استان تعیین می‌شود. شهریه پایه و متغیر دکتری پژوهش محور مانند شهریه دکتری آموزشی و پژوهشی با احتساب ۱۵درصد افزایش نسبت به سال قبل تعیین شود. دانشجویان واحد‌های برون مرزی دانشگاه آزاد اسلامی که شهریه آن‌ها بر مبنای ارز تعیین می‌شود، مشمول افزایش نرخ شهریه نمی‌شوند. نرخ شهریه دانشجویان ایرانی واحد‌های بین المللی داخلی با اعمال ضریب افزایشی مصوب هیئت امنای استانی اعمال می‌شود. شهریه دانشجویان غیرایرانی پذیرفته شده از طریق مرکز سنجش و پذیرش در تمامی رشته‌ها و مقاطع تحصیلی نسبت به شهریه پایه و متغیر پرداختی در سال ۱۳۹۶ با مجوز استان حداکثر ۱۲/۵ درصد افزایش می‌یابد. به گزارش روابط عمومی دانشگاه آزاد اسلامی، شهریه دانشجویان غیرایرانی پذیرش آزاد از طریق کمیته پذیرش دانشجویان غیرایرانی در مقاطع کاردانی و کارشناسی معادل شهریه دانشجویان داخلی و برای سایر مقاطع غیر علوم پزشکی (کارشناسی ارشد، دکتری تخصصی و دکتری عمومی) تا ۱/۵ برابر شهریه دانشجویان داخلی و برای سایر مقاطع تحصیلی علوم پزشکی (کارشناسی ارشد، دکتری تخصصی و دکتری حرفه ای) تا دو برابر شهریه دانشجویان داخلی تعیین می‌شود.