اگرچه طیف گسترده ای از دوران بارداری دوقلوها بی دردسر پیش رفته و به تولد دو نوزاد زیبای سالم می انجامد اما خطراتی هم برای مادر و هم جنین دارد. اکثر پزشکان از مادرانی که دوقلو باردارند می خواهند که برای معاینات دفعات بیشتری نسبت به سایر مادران مراجعه کنند و همچنین ممکن است بررسی های سونوگرافی بیشتری را در برنامه کار خود قرار بدهند.  ناهنجاری کروموزومی  هنگامی که بیش از یک جنین داشته باشید و یکسان نباشند احتمال اینکه یکی از آن ها دارای ناهنجاری کروموزومی باشد تا اندازه ای بیشتر است.   در نهایت هر کودک خطر خاص خود را برای برخی ناهنجاری ها دارد و خطرات اضافه می شود. مادران تک فرزند در 35 سالگی به عنوان سن بالای مادری در دوران بارداری در نظر گرفته شده اند. ولی در بارداری های دوقلویی که از دو تخم مجزا تشکیل شده باشند سن بالای مادری 33 و در سه قلوها 31 یا 32 در نظر گرفته شده است.    دیابت  به دلیل آنکه درصد دیابت های دوران بارداری با دوقلوها یا چند قلوها بیشتر است بسیاری از پزشکان توصیه می کنند تمام خانم هایی که بیش از یک جنین باردارند برای این وضعیت بررسی شوند.   فشار خون و مسمومیت بارداری  فشار خون بالا در بارداری های چند جنینی شایع تر است. برخی خانم ها تنها دچار فشار خون بالا، بدون علایم یا نشانه های جسمانی دیگر می شوند و عده ای دیگر تحت یک شرایط منحصر به فرد بارداری قرار می گیرند که به آن مسمومیت بارداری گفته می شود که شامل فشار خون بالا به همراه ورم و وجود پروتئین در ادرار است. 40 درصد از مادرانی که دوقلو باردارند و 60 درصد یا بیشتر از سه قلو ها به نوعی فشار خون در دوان بارداری دچار می شوند.   محدودیت رشد داخل رحمی  مشکلات مربوط به رشد جنینی در همه جا از 15 تا 50 درصد از تمام دوقلوها بروز می کند. مشکل حتی در سه قلوها و در جنین هایی که یک جفت مشترک دارند شایع تر است. در مورد وجود یک جفت ممکن است خون به طور یکسان به دوقلوها نرسد که باعث می شود یکی از دوقلوها مواد غذایی بیشتری نسبت به دیگری دریافت کند. در چند قلوهایی که جفت های متفاوت دارند، محدودیت رشد، زمانی حاصل می شود که یک جفت در وضعیت مطلوب تری در رحم لانه گزینی کرده باشد و بنابراین مواد غذایی بهتر نسبت به دیگری تامین می کند.   سندرم انتقال خون دوقلوها  سندرم انتقال خون دوقلوها مختص دوقلوهایی است که یک جفت مشترک (تک کوریونیکی) دارند. در برخی موارد جفت تک شامل رگ های خونی ای است که بین دو جنین به هم وصل می شود. این ارتباط دو جنین را به تبادل خون قادر می کند و امکان انتشار خون را به صورت نابرابر می دهد. جنینی که خون بیشتری دریافت می کند بزرگ تر شده و مایع آمنیوتیک بیشتری تولید می کند، در حالی که جنینی که خون کمتری دریافت می کند ممکن است از کاهش رشد آسیب ببینید و مایع آمنیوتیک در حد قابل ملاحظه ای در کیسه او کاهش یابد. این شرایط می تواند بسیار جدی باشد ولی خوشبختانه تنها 10 تا 15 درصد از دوقلوهای تک کوریونیکی را تحت تاثیر قرار می دهد.   کاهش بارداری چند جنینی  برخی از پزشک ها روش کاهش بارداری چند جنینی را به منظور کاهش تعداد جنین هایی که یک زن باردار است انجام می دهند تا امکان به دنیا آوردن نوزادان سالم را افزایش دهند. پزشکان در زنانی که حداقل سه جنین زنده ماندنی ناشی از درمان های باروری داشته باشند به دلیل خطر زیاد زایمان زودرس در صورتی که همه جنین ها نگه داشته شوند از این روش بیشتر استفاده می کنند. همچنین برخی از خانم هایی که دوقلو باردارند مایلند بارداری خود را به یک جنین کاهش دهند.   معمولا متخصص طب مادری – جنینی، عمل کاهش بارداری چند جنینی را در طی هفته آخر از سه ماهه اول بین 9 تا 13 هفتگی بارداری در مرکز مخصوصی انجام می دهد. میزان خطر هنگامی که این روش را یک متخصص با تجربه که آموزش خاص در این زمینه دیده انجام دهد، در حد قابل قبولی پایین است.   سقط جنین اختیاری  روند سقط جنین اختیاری می تواند در یک بارداری چند جنینی با سقط یکی از جنین ها زمانی که یک ناهنجاری شدید وجود داشته باشد مورد استفاده قرار گیرد. یک متخصص طب مادری – جنینی، می تواند این کار را در صورتی که جنین ها جفت های جداگانه داشته باشند انجام بدهد، بدین ترتیب دارویی که مورد استفاده قرار می گیرد نمی تواند عبور کرده و به جنین سالم آسیبی برساند.