پس از تدفین حضرت فاطمه معصومه(س)، «موسی بن خزرج» سایبانی از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا اینکه زینب فرزند امام جواد(ع) در سال ۲۵۶ هجری قمری نخستین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا نهاد. به گزارش نامه نیوز، حضرت معصومه(س) دختر گرامی امام هفتم شیعیان حضرت موسی بن جعفر(ع) است. مادر مکرمه ایشان حضرت نجمه خاتون(س) است. ولادت آن حضرت در روز اول ذیقعده سال 173 هجری قمری در مدینه منوره واقع شده است. در سال 200 هجری قمری در پی اصرار و تهدید مأمون عباسی سفر تبعید گونه حضرت رضا(ع) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون این که کسی از بستگان و اهل بیت خود را همراه خود بیاورند راهی خراسان شدند. یک سال بعد از هجرت تبعید گونه حضرت رضا(ع) به مرو، در سال 201 هجری قمری، به شوق دیدار برادر و ادای رسالت زینبی و پیام ولایت، به همراه عده ای از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حرکت کرد و در هر شهر و محلی مورد استقبال مردم واقع می‌شد. درشهر ساوه عده‌ای از مخالفان اهل‌بیت(ع) که از پشتیبانی مأموران حکومت برخوردار بودند، سر راه کاروان آنان را گرفته و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتیجه تقریباً همه مردان کاروان به شهادت رسیدند، حتی بنا بر نقلی حضرت(س) معصومه را نیز مسموم کردند. به هر حال، یا بر اثر اندوه و غم زیاد از این ماتم و یا بر اثر مسمومیت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه(س) بیمار شدند و چون دیگر امکان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. حدوداً در روز 23 ربیع الاول سال 201 هجری قمری حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. و در محلی که امروز «میدان میر» نامیده می‌شود در منزل «موسی بن خزرج» فرود آمدند و افتخار میزبانی حضرت نصیب او شد. آن بزرگوار به مدت 17 روز در این شهر زندگی کرد محل زندگی و عبادت آن حضرت در مدرسه ستیه به نام «بیت النور» هم اکنون محل زیارت ارادت مندان آن حضرت است. سرانجام در روز دهم ربیع‌الثانی و «بنا بر قولی دوازدهم ربع الثانی» سال 201 هجری پیش از آن که دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت و با اندوه فراوان دیده از جهان فروبست. مردم قم با تجلیل فراوان پیکر پاکش را به سوی محل فعلی که در آن روز بیرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشییع نمودند. پس از دفن حضرت معصومه(س) موسی بن خزرج سایبانی از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا این که حضرت زینب فرزند امام جواد(ع) به سال 256 هجری قمری اولین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد. پس از آن در طول سالیان دراز تا امروز مرقد مطهر ایشان همواره مورد توجه و احترام شیعیان و ارادتمندان بوده و بارها تجدید بنا شده و توسعه و تکمیل یافته است. امروزه حرم مطهر دارای ضریح، گنبد، رواق ها، ایوان‌ها ،صحن‌ها، گلدسته‌ها و بناهای بسیار زیبایی است. سیر تاریخی هر یک ازبناهای حرم به شرح زیر است: مرقد مطهر: در سال 605 هجری به دستور «امیر مظفر احمد بن اسماعیل» بزرگ خاندان آل مظفر، بزرگ‌ترین استاد کاشی ساز آن زمان «محمد بن ابی طاهر کاشی قمی» کار ساخت و پرداخت کاشی‌های متنوع مرقد را شروع کرد و بعد از هشت سال، در سال 613 کاشی‌های آن آماده شد و کار گذاشته شد. اخیراً در سال 1377 شمسی مرقد مطهر به شکل جدید که آمیخته‌ای از کاشی و سنگ است تجدید بنا شد و همچنین دیواره‌های داخلی با سنگ مرمر سبز آراسته شد. ضریح: در سال 965 هجری شاه طهماسب صفوی، در چهار طرف مرقد ضریحی آجری آراسته به کاشی های هفت رنگ و کتیبه‌های معرق بنا نمود و در اطراف آن منافذی باز بود تا هم مرقد دیده شود و هم زائران نذورات خود را داخل ضریح بریزند. در سال 1230 هجری قمری فتحعلی شاه همان ضریح را نقره پوش کرد که این ضریح به مرور زمان فرسوده شد و در سال 1280 ضریحی که از نقره ضریح سابق و نقره‌های موجود در خزانه ساخته شده بود به جای آن نصب شد. این ضریح چندین مرتبه تجدید بنا و اصلاح شد و سال‌های متمادی روی مرقد حضرت باقی بود تا این که در سال 1368 هجری شمسی به دستور تولیت آن زمان شکل ضریح را تغییر دادند و ضریحی را با ظرایف و شاهکارهای هنری ویژه ای به جای آن نصب نمودند که آن ضریح همچنان برفراز تربت نورانی حضرت برقرار است و در اسفند ماه 1380 شمسی اصلاحات و تعمیرات جدید صورت گرفت. رواق‌ها: محدوده‌های نزدیک تر به ضریح مطهر را رواق می‌گویند. حرم مطهر دارای چهار رواق است: 1 - رواق بالاسر که محوطه بین مسجد بالاسر تا ضریح مطهر است و با آیینه کاری و گچکاری‌های بسیار زیبا آراسته شده است. 2 - رواق دارالحفاظ که محوطه بین ایوان طلا و ضریح مطهر است. 3 - رواق آینه (شهید بهشتی) که در بخش زنانه و پایین پای حضرت(س) واقع است. 4 - رواق پیشرو که محوطه بین مسجد طباطبایی تا ضریح مطهر است. صحن‌ها: حرم مطهر دارای سه صحن است: 1 - صحن نو (اتابکی): این صحن زیبا دارای چهار ایوان شمالی، جنوبی و شرقی و غربی است: ایوان شمالی آن ورودی از میدان آستانه و ایوان جنوبی ورودی از طرف قبله و ایوان شرقی ورودی از خیابان ارم و ایوان غربی همان ایوان آینه است در هر کدام از این ایوان‌های یاد شده ظرایف و آثار هنری، معماری خاصی به کار رفته است. این صحن آز آثار (میزرا علی اصغر خان صدر اعظم) است که از سال 1295 هجری قمری تا سال 1303 بنای آن طول کشیده است. 2 - صحن عتیق (قدیم) صحن عتیق (واقع در شمال روضه مبارکه) اولین صحنی است که در این بارگاه مبارکه بنا شده، این صحن را چهار ایوان زیبا فرا گرفته است. ایوانی با عظمت در جنوب که همان ایوان طلا (ورودی صحن به روضه مطهره) است و ایوانی در شمال که ورودی فیضیه به صحن را تشکیل می‌دهد که ساختمان نقاره خانه روی آن بنا شده است و ایوانی در غرب که ورودی مسجد اعظم به صحن است و در شرق، ایوان ورودی صحن عتیق به صحن نو واقع است. این صحن و ایوان‌های اطراف آن را «شاه بیگی» همسر شاه اسماعیل صفوی در سال 925 هجری قمری بنا نمود. از سال 1377 نیز تعمیرات اساسی در این صحن و مقابر اطراف شروع شده است که همچنان ادامه دارد. 3 - صحن صاحب الزمان(عج) این صحن با بیوتات متعلق به آن در مساحتی حدود 8 هزار متر مربع با چهار جهت ورودی، در سال 1381 شروع و در سال 1384 افتتاح شد. (ورودی شرقی شبستان امام خمینی(ره)، ورودی غربی پل آهنچی، ورودی شمالی بست مسجد اعظم(ص)، ورودی جنوبی خیابان جدیدالاحداث. دیواره های اطراف این صحن منقوش به کتیبه های قرآنی با خطوط بنایی و کوفی در ساختار و طرح جدید با ترکیبی از سیمان سفید و آجر است. گلدسته‌ها: 1- گلدسته‌های ایوان طلا: در دو طرف این ایوان در صحن عتیق، گلدسته‌هایی پوشیده از کاشی گرهی به صورت مارپیچ (به بلندی 40/17 متر از سطح بام و قطر 50/1متر) ساخته شده است که بین پیچ‌ها، اسامی مبارک: الله، محمد، علی به خط کوفی نوشته شده است که در بالای آنها زیر مقرنس کتیبه‌ای قرار دارد، که سقف آن «إِنَّ اللَّهَ وَ مَلائِکَتَهُ یصَلُّونَ عَلَی النَّبِی یا أَیهَا الَّذِینَ آمَنُوا صَلُّوا عَلَیهِ وَ سَلِّمُوا» است. این مأذنه‌ها به دستور محمد حسین خان شاهسون شهاب الملک، در سال 1285 هجری قمری، طلا کاری شد. در سال 1385 هجری شمسی تعمیرات دیگری بر روی این گلدسته‌ها صورت گرفت و سر گلدسته‌ها طلاکاری شد. 2- گلدسته‌های ایوان آینه: برفراز پایه‌های دو طرف ایوان دو مأذنه است که از بلندترین بناهای آستانه است. ارتفاع آنها از سطح بام 28 متر و از سطح صحن 80/42 متر و محیط آن 30/3 متر است. در بالای مأذنه‌ها کتیبه‌ای با پهنای حدود یک متر دیده می‌شود که متن آن در یکی از مأذنه‌ها «لا حول ولا قوه الا بالله العلی العظیم» و در دیگری «سبحان الله و الحمدلله و لا اله الا الله و الله اکبر» است. پوشش هر دو مأذنه از بالا تا پایین سرتاسر کاشی گرهی است که در میان آنها نام‌های پروردگار متعال خوانده می‌شود. بانی آنها، امین السلطان و معمار، استاد حسن معمار قمی است و کاشی کاری گلدسته‌های مذکور بعد از پیروزی انقلاب اسلامی تعویض شده است. 3- گلدسته‌های صحن بزرگ: در صحن بزرگ (نو یا اتابک) روبروی ایوان آیینه قرار دارند. پوشش آنها، کاشی گرهی هشت ضلعی متساوی است. روی چهار ضلع این گلدسته‌ها نام‌های مبارک الله، محمد، علی از بالا به پایین 4 مرتبه نوشته شده است.